В октябре 1963 г. Икеда посетил Индонезию и Малайзию с официальными визитами. В июне 1964 г., когда конфронтация менаду Малайзией и Индонезией приобрела наиболее острый характер, в Токио состоялась вторая встреча Абдул Рахмана с Сукарно, но и она не привела к прекращению конфликта. Напротив, после нее в августе —сентябре 1964 г. Индонезия дважды высаживала свои морские и воздушные десанты на территории Малайзии. В этих условиях Токио более определенно занял промалайзийскую позицию, прекратив экономическую помощь Индонезии. В октябре 1966 г. после подписания мирного соглашения, официально положившего конец конфронтации между Джакартой и Куала - Лумпуром, министр иностранных дел Японии нанес визиты в Малайзию и Сингапур. В ходе этого визита была достигнута договоренность о дальнейшем расширении японо - малайзийского экономического сотрудничества. В ноябре 1966 г. Япония предоставила Малайзии заем в сумме 150 млн. ринггит на нужды первого малайзийского плана развития. С начала 60 - х годов завязываются отношения Малайской Федерации с Южной Кореей.